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El cuestionario de autoevaluación es el instrumento proporcionado por el CONFEDE, mediante el cual las IES realizan un proceso de diagnóstico interno de los programas académicos.

El cuestionario abarca los siguientes aspectos:

1. Personal académico. Al respecto, la Institución debe contar con: una base de datos;  personal congruente con la misión y objetivos del programa; personal que cubra el perfil académico de acuerdo con criterios nacionales; personal que cumple con las funciones sustantivas y adjetivas; personal con experiencia docente; personal esté incorporado en cuerpos académicos; profesores con perfil afín a las asignaturas impartidas; instrumentos que permitan evaluar a su personal; mecanismos para evaluación de profesores; normatividad que regule el ingreso y estancia del personal; procesos que impulsen a su personal en proyectos de investigación; mecanismos institucionales que faciliten la participación del personal en la planeación y operación de proyectos de investigación científica; mecanismos para actualización de conocimientos; y condiciones adecuadas para el optimo desarrollo de actividades del personal.
2. Currículum. En este aspecto se debe considerar: la revisión periódica; que fomente la investigación;  personal que dedica tiempo a proyectos que fomenten la investigación; existan proyectos de extensión como parte de sus actividades; la participación de cuerpos colegiados en la evaluación y modificación del programa; la existencia de mecanismos que le permiten medir su efectividad; deben haber mecanismos que permiten la atención individual y grupal de estudiantes; que esté autorizado por el  órgano competente; establece en los objetivos del plan de estudios, el perfil de ingreso, perfil de egreso, y estructura curricular; establecer los criterios para la elaboración de los programas de las materias a cursar; contar con mecanismos periódicos para el seguimiento y evaluación permanente de los egresados; y la flexibilidad para mantenerse actualizado y pertinente.
3. Métodos e instrumentos para evaluar el aprendizaje. Se evaluará: la existencia de mecanismos permanentes de evaluación que permitan desarrollar métodos e instrumentos apropiados de evaluación del aprendizaje; que el desarrollo programático de las asignaturas del programa sean realmente cubiertos; y que el programa cuente con recursos didácticos para el óptimo desarrollo de la evaluación del aprendizaje.
4. Servicios institucionales para el aprendizaje. El programa debe tener: estudios o mecanismos de seguimiento sobre el rendimiento escolar de los alumnos; servicios de alimentación para el personal y los estudiantes; y  mecanismos de promoción de la salud y bienestar para el personal y los estudiantes.
5. Alumnos. El cuestionario está enfocado en que el programa cuente con: políticas, estrategias y mecanismos que ofrezcan una atención adecuada a los estudiantes; bases de datos automatizadas que dan cuenta sobre la situación del estudiante; la existencia de procesos de admisión de aspirantes; un reglamento que establezca los criterios para la permanencia y acreditación de los estudiantes; estudios sobre la permanencia escolar; mecanismos remédiales para estudiantes rezagados; con un reglamento o disposiciones que norman el proceso de titulación; instrumentos de estímulos y reconocimientos a estudiantes sobresalientes; con incentivos, tales como becas, premios, excepciones de cuotas que le permiten al estudiante un aprovechamiento intelectual óptimo; y participación de los estudiantes en de proyectos de investigación.
6. Infraestructura y equipamiento. Se observará que el programa tenga: una infraestructura adecuada y suficiente para el óptimo aprendizaje; condiciones adecuadas para la realización de prácticas profesionales; laboratorios de idiomas modernos y suficientes; laboratorios y talleres modernos y suficientes; convenios y programas de trabajo para el uso de laboratorios y espacios interdisciplinarios; una planta física que considera normas de construcción y seguridad; una biblioteca  moderna, eficaz, eficiente y actualizada; y áreas para el trabajo colectivo de los docentes; instalaciones para actividades deportivas, recreativas y culturales.
7. Investigación. El programa debe: expresar en el perfil de egreso, el desarrollo de habilidades o destrezas para la investigación; tener un cuerpo colegiado debe aprobar los proyectos de investigación; contar con proyectos de investigación con apoyo externos; tener un marco normativo en materia de investigación; haber líneas de investigación interinstitucionales; e impulsan la formación de posgrados.
8. Vinculación. En el rubro referido se contemplará que el programa demuestre la existencia de: políticas de vinculación institucional;  mecanismos que permiten la participación de empleadores en la planeación y actualización de los planes de estudios; planes de servicios a la comunidad; estrategia de educación continua para egresados y público en general; y de proyectos para el fomento del intercambio académico.
9. Normatividad institucional que regula la operación del programa. Es fundamental que el programa este respaldado por un registro en la Secretaría de Educación Superior y/o Reconocimiento de Validez Oficial de Estudios y los reglamentos, códigos y normas para: el personal; los estudiantes; titulación; becas y estímulos para estudiantes; el manejo y control presupuestal; la ética; el personal no académico o de apoyo; la regulación del funcionamiento de sus órganos colegiados; y el uso de instalaciones en general.
10. Conducción académica y administrativa. Es recomendable que el programa contemple: un organigrama general; cuerpos colegiados para la toma de decisiones; un calendario de sesiones periódicas, con procedimientos vigentes para elegir o designar a las autoridades ejecutivas; las responsabilidades en la toma de decisiones y dirección del proceso educativo del las autoridades unipersonales; y que los órganos colegiados del programa están integrados por profesores, estudiantes y autoridades de la unidad académica.
11. Proceso de planeación y evaluación. En referidos procesos el programa debe contar con un plan de desarrollo; y que el plan de desarrollo de la dependencia guarde una estrecha relación con el plan de desarrollo institucional; además de que dicho plan deba ser evaluado de manera sistemática y colegiada para su mejora continua.
12. Gestión administrativa y financiera. Lo recomendable es que el programa cuente con: sistemas de conducción, gestión, administración y financiamiento; un responsable con el perfil y las habilidades adecuadas para su función; un presupuesto ordinario y suficiente para cubrir las necesidades de operación y las actividades programadas; prevención acciones para la obtención de recursos financieros adicionales; y un sistema de rendición de cuentas.